SSRseq®简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR），也称微卫星（Microsatellite）或短串联重复序列（Short Temdem Repeats，STR），其串联重复的核心序列常为1-6 bp，是一种广泛分布在真核生物基因组中的重复序列。由于其自身具有共显性遗传，多态位点多，信息含量丰富，物种间转移性好，易于检测，重复性好的特点，因此广泛应用于动植物遗传多样性、亲缘关系分析、品种鉴定、分子标记辅助选择、QTL定位等研究。

SSRseq®天昊生物依托自身技术优势，开发出了基于Illumina二代测序平台的SSRseq®超高通量SSR分型技术。该技术针对目的区域SSR设计多重PCR扩增体系，一个扩增反应体系可以完成16-20个SSR标记的PCR反应，然后对目的片段进行二代测序。此技术可以直接检测到同一SSR位点不同等位基因的序列信息，不但能达到单碱基分辨率，并且能够准确给出每个等位基因SSR重复单元的具体重复次数和不同等位基因的相对比例，不需要人工判读基因型，基于生物信息学分析流程高效、准确分型，适用于二倍体物种，尤其适合异源多倍体物种SSR位点检测。您只需提供样品DNA及SSR位点信息，我们便可帮您完成从实验检测到数据分析整体服务。

技术优势：

• 采用二代测序平台，精确检测重复单元数目和不同等位基因的相对比例；

• 独创的“滑移校正”及“扩增效率校正”，避免将滑移峰误判为等位基因；

• 目标序列已知情况下，避免插入缺失引起的基因型误判；

• 避免将非特异性扩增条带误判为等位基因；

• 不同SSR标记扩增产物长度不需要分子量大小梯度变化；

• 不需要人工判读基因型，基于生物信息学分析流程高效、准确分型；

• 相对于传统技术，高通量、低费用。

样本类型：溶解于蒸馏水或TE (pH 8.0)中的基因组DNA

样品需求量：浓度≥20 ng/μL，总量≥(200+m*30) ng（200ng为小送样量，方便送样和用于质控；m为panel数目，需要销售直接填写算好的总量）

样品完整度：琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA完整性，要求电泳条带清晰可见，无明显降解，且无RNA污染

样品运输：DNA低温运输，每个离心管用parafilm膜密封

标准分析：

1) 测序数据量统计以及测序数据质量统计

2) 目标位点富集效率评估

3) SSR分型

SSR频数 (SSR中各重复数对应的reads数量)

SSR频率(SSR中各重复数的相对频率)

SSR分型统计

SSR motif密度分布图

高级分析：

1) 种群多样性分析

2) 聚类与进化树分析

3) 种群结构分析

4) 种群分化分析

5) 亲缘关系分析及关联分析等

1、Cui X, Li C, Qin S, Huang Z, Gan B, Jiang Z, Huang X, Yang X, Li Q, Xiang X, Chen J, Zhao Y, Rong J. High-throughput sequencing-based microsatellite genotyping for polyploids to resolve allele dosage uncertainty and improve analyses of genetic diversity, structure and differentiation: A case study of the hexaploid Camellia oleifera. Mol Ecol Resour. 2022 Jan;22(1):199-211. doi: 10.1111/1755-0998.13469. Epub 2021 Jul 26. PMID: 34260828.

2、Li X, Wang J, Qiu Y, Wang H, Wang P, Zhang X, Li C, Song J, Gui W, Shen D, Yang W, Cai B, Liu L, Li X. SSR-Sequencing Reveals the Inter- and Intraspecific Genetic Variation and Phylogenetic Relationships among an Extensive Collection of Radish (Raphanus) Germplasm Resources. Biology (Basel). 2021 Nov 30;10(12):1250. doi: 10.3390/biology10121250. PMID: 34943165; PMCID: PMC8698774.

1、对SSR位点要求是怎样的？

答：重复单元好不少于3 bp

重复数好10个以内

重复单元好不全由GC或AT做成

SSR位点周围不存在其他SSR位点

2、在适用范围说明里，“必须基于已知染色体倍数才能得到不同的等位基因间的相互比例”，这里具体是什么意思？

答：我们分析时的校正、终给包含比例信息的分型结果，均是基于染色体倍数已知的前提下进行。如未知的话，就只能给到不含比例的分型。 

3、SSRseq的佳适用范围是什么？

答：分型位点数和样本量较小时不适合，一般建议SSR位点数不少于10个，样本量不少于100个。理论上不封顶。从现实角度考虑，位点数500个以内，样本数再多都行。