环状RNA（circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子，与线性RNA不同，circRNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定而且不易降解。近几年的研究表明，circRNA在生物的生长发育、对外界环境的抵御等方面具有重要的调控作用。由于circRNA的闭合环状特性，通过去除total RNA中的rRNA和线性RNA分子，可以特异地富集circRNA分子后进行测序，更有针对性地分析受检样本中特定的circRNA谱、circRNA剪接模式、组间差异和功能等。

技术路线:

技术优势:

•可同时获得circRNA和mRNA的测序数据；

•鉴定已知circRNA的同时，可以预测新的circRNA；

•信息量大，可进行mRNA和circRNA共表达分析。

样本类型：完整无基因组DNA污染的Total RNA

样本浓度：浓度≥ 100 ng/μL

样本纯度：OD260/280介于1.8-2.2，OD260/230 ≥ 2.0

样本需求量：总量≥ 4 μg

样本完整度：28S/18S ≥ 1.0， Agilent 2100 Bioanalyzer检测RIN值≥ 7.0

数据分析内容:

结果展示:

图 差异表达circRNA的miRNA结合位点预测结果

Molecular Cancer：外泌体circLPAR1通过METTL3-eIF3h相互作用抑制BRD4在结直肠癌诊断和肿瘤发生中的作用

为了表征结直肠癌中失调的环状RNA，对52对结直肠癌肿瘤和对照进行了RNA-Seq，观察到14221个环状RNA（图A）。在这些环状RNA中，大多数小于500 nt（图B），超过70%的环状RNA起源于蛋白质编码外显子，其次是内含子和基因间区（图C）。进一步筛选获得5个circRNAs在结直肠肿瘤组织中的表达与在对照中的表达相比显著降低（图D-E）。此外，使用exoRBase数据库对外泌体中的circRNAs进行了注释，发现了3个外泌体circRNAs（图F）。

 图 组织circRNA表征及外泌体circRNA发现

1.circRNA预测采用了什么方法？

答：本项目采用了如下所示的预测方法，但circRNA的预测并不局限于此种方法：

总共利用了4种模型来预测circRNA，如下所示：（A）代表一个由外显子通过back-splicing 环化形成的circRNA，测序得到该circRNA的reads来自于两个不同的外显子，而且上下游的顺序和基因组上的顺序相反；（B）代表测序得到的circRNA的reads来自三个不同的外显子，该reads的头部和尾部来自两个不同的外显子，而且在基因组上的顺序相反；（C）代表由一个外显子环化形成的circRNA，由于这个circRNA比较小，测序会出现测过的情况，此时其比对的情况应该是reads的头部和尾部分别比对到外显子的尾部和头部；（D）代表双端测序会出现的一种情况，R1端测到了两个外显子的交界处，而R2端只测到了一个外显子，此时，如果R1端reads的头部比对到下游外显子上，可能是检测到一个潜在的circRNA。

图 circRNA预测模型示意图

2.除了rRNA去除建库方式，能提供只针对circRNA建库的服务吗？

答：我们可以提供线性RNA消化的方式来尽可能捕获更多的环状RNA，从而避免其它种类RNA占用测序数据。